頭部磁共振可以檢查出腦血管、垂體以及鼻咽部等部位是否出現(xiàn)病變，可以檢查出腦梗死、腦出血以及腦腫瘤等，還可以檢查出是否出現(xiàn)寄生蟲感染，是一種重要的輔助診斷方法。

腦核磁共振可以用于檢查腦部的大部分的疾病，可以查看腦實質(zhì)結(jié)構(gòu)的改變，有無縮窄、占位、有無出血、有無梗阻等變化，可以診斷腦缺血、腦梗死、腦膠質(zhì)瘤、腦囊腫、腦寄生蟲、蛛網(wǎng)膜下囊腫等疾病。