部分人可能為先天發(fā)育異常，導致控制虹膜色素的基因在發(fā)育過程中出現(xiàn)病變，從而伴有虹膜變黃的現(xiàn)象。另外，患有葡萄膜炎癥或者白化病的時候，也都會造成虹膜變黃。

黑色的眼珠其實是前面透明的角膜，在其后方是深棕色的虹膜。所以黑眼珠發(fā)黃有可能是角膜混濁，一般角膜變性，炎癥形成的灰白浸潤灶常見，另外角膜和虹膜形成的前房部位，當前房水混濁有炎癥時，前房會有混濁以及絮狀滲出，例如虹膜炎也會導致黑眼珠變渾濁發(fā)黃。當虹膜因為各種原因?qū)е碌纳孛搶?，使顏色變淡也會看到黑眼珠發(fā)黃。