木瓜籽具有益胃消食以及補脾美容的功效，食用木瓜籽可以緩解脾胃虛弱引起的不適癥狀，比如脘腹脹滿、食欲不振、精神萎靡、大便溏薄、形體消瘦、面色枯黃等等。木瓜籽還含有一定的維生素和微量元素，食用后可以提高機體的抗病能力。適量食用木瓜籽還具有改善腎臟以及肝臟功能的作用，幫助治療肝硬化，預防腎功能衰竭。一般不建議木瓜籽與海鮮同食，以免引起胃腸道不適。