低位肛瘺以手術(shù)治療為主，配合藥物治療。藥物治療主要是使用高錳酸鉀溶液進(jìn)行溫水坐浴，配合涂抹抗生素軟膏，預(yù)防以及控制感染現(xiàn)象。手術(shù)治療有肛瘺切開術(shù)、掛線療法、肛瘺切除術(shù)等。肛瘺切開術(shù)適用于低位肛瘺；掛線療法適用于有內(nèi)外口的低位肛瘺；肛瘺切除術(shù)適用于低位單純性肛瘺。低位肛瘺只有通過手術(shù)方式才有可能獲得治愈，但是無法避免不再復(fù)發(fā)。