直腸神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤病因不明，可能與遺傳因素有關(guān)。

遺傳因素是直腸神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤的基本病因。患者的親屬中有神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤病史時，其可能會遺傳疾病的致病基因，使其直腸黏膜發(fā)生病變，從而導(dǎo)致其患直腸神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤的概率增加。

患者長期接觸放射線、有害的化學(xué)制劑等物質(zhì)時，可造成其免疫力下降，體內(nèi)的抑癌基因發(fā)生改變，從而引發(fā)直腸神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤的形成。