肛瘺不治會有諸多嚴重后果，包括反復(fù)感染致炎癥加重、瘺管復(fù)雜化、惡變風(fēng)險增加以及影響肛門功能等，成年患者可能出現(xiàn)肛門失禁，兒童患者可能影響肛門正常發(fā)育，女性患者可能波及會陰部，男性患者可能影響生殖系統(tǒng)相關(guān)區(qū)域。

瘺管復(fù)雜化：隨著時間推移，肛瘺的瘺管會逐漸增多、分支增加。最初可能是單純性肛瘺，若不治療，可能會發(fā)展為復(fù)雜性肛瘺。復(fù)雜性肛瘺的處理更加困難，手術(shù)難度增大，術(shù)后復(fù)發(fā)的風(fēng)險也會升高。臨床中觀察到，部分肛瘺患者在患病數(shù)年后，瘺管分支從1-2個增加到3-4個甚至更多，給治療帶來極大挑戰(zhàn)。

惡變風(fēng)險增加：雖然肛瘺惡變相對少見，但長期慢性炎癥刺激有一定的惡變可能。有研究追蹤觀察部分肛瘺患者，發(fā)現(xiàn)約0.5%-1%的肛瘺患者最終發(fā)生惡變，轉(zhuǎn)變?yōu)楦毓馨┑葠盒阅[瘤。尤其是肛瘺病史較長，且炎癥反復(fù)不愈的患者，惡變風(fēng)險相對更高。

影響肛門功能：對于成年患者，長期的肛瘺不治療會影響肛門的正常功能。比如，可能會出現(xiàn)肛門失禁的情況，因為肛瘺的炎癥刺激會破壞肛門周圍的括約肌等結(jié)構(gòu)，導(dǎo)致肛門的控便功能受損。兒童患者若肛瘺不及時治療，還可能影響肛門的正常發(fā)育，導(dǎo)致肛門畸形等情況，進而影響其未來的生活質(zhì)量，如影響排便的正常控制等。對于女性患者，肛瘺不治療可能會波及會陰部，引起會陰部的反復(fù)感染等問題，影響生殖系統(tǒng)周圍的健康；男性患者則可能影響到生殖系統(tǒng)相關(guān)區(qū)域，增加泌尿系統(tǒng)等感染的風(fēng)險。