90%以上腸結核由人型結核桿菌引起，此外，飲用未經(jīng)嚴格消毒的乳制品可因牛型結核桿菌而致病，腸結核感染可經(jīng)口、血行播散和鄰近器官結核的波及所致。
結核病的發(fā)病是人體和結核菌相互作用的結果，經(jīng)上述途徑獲得感染僅是致病的條件，只有當入侵的結核菌數(shù)量較多，毒力較大，并有人體免疫功能異常、腸功能紊亂引起局部抵抗力削弱時，才會發(fā)病。
1.腸源性
MTB主要經(jīng)口傳染而侵入腸道，患者常為開放性肺結核，由于吞咽了自身含有MTB的痰液而致病。
或者經(jīng)常與開放性肺結核病人共餐，缺乏必要的消毒隔離措施從而致病。少數(shù)情況下飲用未經(jīng)消毒的含有MTB的牛奶或乳制品也可引起原發(fā)性腸結核。
MTB進入腸道后多在回盲部引起病變，這是因為。
?、僬Ｉ砬闆r下腸內容物通過回盲部括約肌之前滯留于回腸末端時間較長，此外，結腸近端常有反蠕動，使腸道內容物在盲腸停留時間更久。
這樣MTB與腸道黏膜接觸機會多，增加了腸黏膜的感染機會。
?、诨仉敛坑胸S富的淋巴組織，而MTB容易侵犯淋巴組織。
2.血源性
粟粒型結核時，MTB可經(jīng)血行播散而引起腸結核。
3.直接蔓延
腹腔內結核病灶，如女性生殖器官結核和腎結核直接蔓延可引起腸結核。
然而上述途徑獲得感染僅僅是致病條件。只有當入侵的MTB數(shù)量多，毒力強，而人體免疫功能降低、腸道功能紊亂、局部抵抗力降低時才會發(fā)病。