腸結核一般都由人型結核桿菌引起。偶有因飲用帶菌牛奶或乳制品罹患牛型結核者。結核桿菌侵犯腸道的主要途徑有。
血行播散
血行播散也是腸結核的感染途徑之一。見于粟粒型結核徑血行播散而侵犯腸道。
鄰近結核病灶播散
腸結核還可由腹腔內結核病灶直接蔓延而引起，如輸卵管結核、結核性腹膜炎、腸系膜淋巴結核等。此種感染系通過淋巴管播散。
人體和細菌(或其它致病因素)相互作用
結核病和其它許多疾病一樣，是人體和細菌(或其它致病因素)相互作用的結果。只有當入侵的結核桿菌數(shù)量較多、毒力較強，并有機體免疫功能異常(包括腸道功能紊亂引起的局部抵抗力削弱)時，方能致病。