引起非淋菌性尿道炎的病原體較多。主要是由沙眼衣原體和脲素支原體引起。除上述二種病原體外，白色念珠菌、大腸桿菌、滴蟲、單純皰疹病毒等也可引起非淋菌性尿道炎。當(dāng)兩性進(jìn)行接觸時，病原體通過皮膚黏膜侵入健康人體內(nèi)而感染發(fā)病。
賣淫、嫖娼、性放縱等性亂行為均是傳播非淋菌性尿道炎的途徑。賣淫嫖娼者染上性病后并不停止性亂活動，這就更加速了性病的傳播。
除直接性接觸外，健康人接觸患者分泌物污染的用具、衣物以及共用浴池等也會受間接感染。
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