①排膿：排膿是其主要癥狀。一般來說，新生成的瘺管排膿較多，膿汁粘稠，黃色、味臭;瘺管日久的排膿相對(duì)較少，或時(shí)有時(shí)無，稀淡如水;若膿量增加，則表示新瘺管生成。瘺管有時(shí)會(huì)暫時(shí)封閉，不排膿液，從而出現(xiàn)局部腫痛，體溫上升，以后封閉的瘺口破潰，又排出膿液，也可從瘺口排出氣體或糞便。
?、谔弁矗函浌芡〞碂o炎癥時(shí)，一般無疼痛，只有肛門局部略有腫脹感，行走時(shí)可加重，若外口封閉，瘺管存積膿液，或糞便進(jìn)入瘺管，則會(huì)疼痛加重或排糞時(shí)疼痛加重，而內(nèi)盲瘺則常感直腸下部和肛門部灼熱不適，排糞時(shí)疼痛加重。
?、垧W：肛門部皮膚由于膿液及其他排出物刺激，常感覺皮膚瘙癢。
?、苡步Y(jié)或瘢痕：由于瘺管壁及瘺口的反復(fù)刺激，使纖維組織增生，在管壁和瘺口形成質(zhì)韌的結(jié)締組織，常表現(xiàn)為瘺管周圍皮膚變色，表皮脫落，凹陷變形，觸及條索狀硬結(jié)通向肛門內(nèi)。
⑤全身癥狀：多數(shù)無全身癥狀;當(dāng)肛瘺侵犯范圍較大較深或支管較多時(shí)，反復(fù)炎癥感染，會(huì)導(dǎo)致消瘦、貧血、便秘、排便困難等全身癥狀。