在臨床中，白塞氏病應與單純性口腔潰瘍、系統(tǒng)性紅斑狼瘡、瑞特綜合癥、炎癥性腸病等相鑒別。
單純性復發(fā)性口腔潰瘍是一種最常見的具有反復發(fā)作特征的口腔黏膜潰瘍性損害。多發(fā)生于青壯年。唇、頰、舌尖、舌邊緣等處黏膜好發(fā)。
最初，口腔粘膜充血(發(fā)紅)、水腫(略隆起)，出現小米粒大小的紅點，很快破潰成圓形或橢圓形潰瘍，中央略凹下，表面有灰黃色的苔，周圍有狹窄紅暈。
有自發(fā)性劇烈燒灼痛，遇刺激疼痛加劇，影響病人說話與進食。一般無明顯全身癥狀。而白塞病是一種全身性疾病，不僅有口腔潰瘍而且有眼部病變、會陰潰瘍和針刺反應等。
瑞特綜合癥除口腔潰瘍外，還常有發(fā)熱、蝶形紅斑、脫發(fā)、光敏現象、常有血液系統(tǒng)及腎臟損害、自身抗體ANA、ds-DNA、Sm可陽性。
克隆病可有口腔潰瘍，主要表現為消化道階段性的潰瘍或增生，腸道內可鋪路卵石樣改變。
潰瘍性結腸炎表現為下消化道的潰瘍，主要為乙狀結腸的病變，可以由下向上發(fā)展至回腸，有人稱之為“倒灌性回腸炎”。
炎癥性腸病的病人多有較嚴重的腹瀉，大便為膿血樣。而且X線或纖維結腸鏡檢查可以輔助診斷，并與白塞病鑒別。