懷孕36天的時候可以進行藥物流產，但是在進行流產之前，需要去醫(yī)院進行B超的檢查，明確是宮內妊娠，若是宮外妊娠，不可以通過服用藥物的方式去進行流產，以免導致大出血，對患者的身體健康會造成影響。在進行B超檢查后發(fā)現胚胎發(fā)育正常，并且可以發(fā)現孕囊，此時可以進行藥物流產。需要遵醫(yī)囑服用藥物，必要時住院去進行藥物流產，在妊娠產物流出后，需要去醫(yī)院進行B超的復查，避免有妊娠產物殘留的情況。