若是患有肛周膿腫、直腸肛門損傷、肛裂反復(fù)感染的情況，容易引起肛瘺的發(fā)生。肛瘺的形成還與結(jié)核病、潰瘍性大腸炎、直腸癌、肛管癌、克羅恩病等疾病有關(guān)。如果有做過會陰部的手術(shù)或是尿道手術(shù)、前列腺手術(shù)，術(shù)后有感染的情況出現(xiàn)，這時也會增加患肛瘺的幾率。另外，肛瘺的發(fā)生還有可能是糖尿病、白血病、再生障礙性貧血等疾病引起血行感染導(dǎo)致的，或是乙狀結(jié)腸憩室炎、淋巴肉芽腫等疾病導(dǎo)致。