引起陰莖尿道疼痛的原因包括尿道外傷、淋菌性尿道炎、尿道結石等，具體分析如下：

1、尿道外傷

由于陰莖包括尿道，當陰莖遭受撞擊、跌倒等外傷，易損害局部軟組織，造成組織液外滲，刺激周圍神經，引起陰莖尿道疼痛。

2、淋菌性尿道炎

由于淋球菌在體內不斷繁殖，會對周圍組織造成刺激，從而導致患者出現陰莖尿道疼痛。

3、尿道結石

由于尿道結石體積較大，不但會壓迫周圍神經，還會劃傷周圍黏膜，易造成陰莖尿道疼痛。