肛瘺治療以手術(shù)為主，藥物治療為輔助。局部外用抗生素類藥膏可緩解急性發(fā)作期感染癥狀但不能根治；中藥坐浴方有清熱解毒等作用也不能替代根治性治療。兒童患者藥物使用謹(jǐn)慎，優(yōu)先保守措施；成人可合理選擇藥物但多需手術(shù)根治；有基礎(chǔ)疾病患者用藥需考慮基礎(chǔ)疾病影響，遵綜合治療方案。

抗生素類藥膏：對于肛瘺急性發(fā)作期，有感染表現(xiàn)時，可使用抗生素類藥膏，如莫匹羅星軟膏等，其通過抑制細(xì)菌蛋白質(zhì)合成發(fā)揮抗菌作用，能減輕局部炎癥反應(yīng)，但僅為對癥緩解，不能根治肛瘺。

中藥坐浴藥物

中藥復(fù)方制劑：一些中藥坐浴方具有清熱解毒、消腫止痛等作用，可改善肛瘺局部癥狀。例如由黃柏、苦參、地榆等組成的中藥復(fù)方，通過中藥的溫?zé)嵝?yīng)及藥物成分的滲透，促進局部血液循環(huán)，減輕炎癥水腫，但同樣不能替代手術(shù)等根治性治療手段。

肛瘺的治療主要還是以手術(shù)為主，如瘺管切開術(shù)、掛線療法等，藥物治療多作為輔助手段用于緩解癥狀或手術(shù)前后的輔助處理。對于兒童患者，由于其身體發(fā)育尚未成熟，藥物使用需更加謹(jǐn)慎，一般優(yōu)先考慮非藥物的保守緩解措施，如保持肛周清潔等，而對于成人肛瘺患者，藥物治療可在醫(yī)生評估后根據(jù)具體病情合理選擇，但最終多數(shù)仍需手術(shù)根治。對于有基礎(chǔ)疾病如糖尿病等的患者，在使用藥物時需考慮基礎(chǔ)疾病對病情及藥物作用的影響，嚴(yán)格遵循醫(yī)生的綜合治療方案。