手術切除是惟一有效的治療方法。以往考慮到該腫瘤將隨著骺板閉合會停止生長，而且惡變率極低(單發(fā)性在0.5%～1%，多發(fā)性為2%左右)，多主張出現(xiàn)局部疼痛、妨礙關節(jié)活動或壓迫血管、神經(jīng)和臟器時，才是手術切除的指征。目前，普遍提倡單發(fā)性骨軟骨瘤一經(jīng)確診，就應擇期手術切除。
由于多發(fā)性骨軟骨瘤病變數(shù)目多，難以一次手術切除。而采取數(shù)次或數(shù)十次手術切除腫瘤，病人難以接受，所以，只能選擇性地切除那些有癥狀或妨礙關節(jié)運動和伴發(fā)肢體畸形的骨軟骨瘤。肢體畸形的矯形手術可視其復雜程度，可與腫瘤切除術一期完成，或分期手術。
瘤體壓迫神經(jīng)，血管或影響關節(jié)活動，以及蒂部外傷發(fā)生骨折的，均有手術切除的指征。當然無明顯癥狀的，也不禁忌手術。手術的重點是盡量從基底切除而不要剝離局部覆蓋的骨膜。軟骨帽和骨膜要一并切除，以免腫瘤復發(fā)。同時注意防止損傷骺板。