鹽酸小檗堿主要針對于胃腸道細菌感染治療，患者服用后通常會有輕微的惡心，部分人會嘔吐。對于有藥物過敏反應(yīng)的患者，可能會有皮疹產(chǎn)生。如果出現(xiàn)嚴重不良反應(yīng)，建議及時就醫(yī)，過敏體質(zhì)的人需要咨詢專業(yè)醫(yī)生。

長期服用鹽酸小檗堿可能會影響胃腸道的吸收消化功能，破壞人體對維生素及脂肪酸的吸收。部分患者會有惡心、嘔吐以及藥熱的不良反應(yīng)，但是停藥后癥狀會立即消失。建議不要長時間或者過量服用。