杞菊地黃丸和明目地黃丸的組成以及作用不同，杞菊地黃丸中含有豐富的枸杞以及菊花，具有滋陰養(yǎng)腎的作用。明目地黃丸中含有豐富的蒺藜、磁石以及石決明，可以起到舒肝明目的作用。

杞菊地黃丸和明目地黃丸這兩種中成藥都是在六味地黃丸方子的基礎上進行增減，從而成為新的中成藥。明目地黃丸主要是具有明目、滋陰養(yǎng)肝的作用。杞菊地黃丸主要具有養(yǎng)肝的效果，更側重于滋陰和養(yǎng)肝為主。但是兩種藥物都不能夠擅自服用，需要辯證之后，根據(jù)不同癥狀，進行選擇合適的藥物。