香砂六君丸的副作用在臨床上對胃腸功能較差的患者可見有胃腸道反應，如惡心的感覺。對其中藥物成分過敏的患者會有過敏癥狀出現(xiàn)。如果患者出現(xiàn)了內(nèi)火太盛、陰虛火旺、積食等情況，說明不適合服用該藥，建議立即停藥。香砂六君丸主要用于治療腹瀉、腹脹、食少呆納，有和胃、益氣健脾的功效，臨床上常見于十二指腸潰瘍、胃潰瘍、胃炎等，只要是辯證正確且不是胃腸功能及過敏的患者，是沒有太大副作用的。