肛瘺的病因包括感染因素（肛周膿腫是最常見病因，約85%肛瘺繼發(fā)于肛周膿腫，結(jié)核桿菌感染也可引起相對復(fù)雜的肛瘺）、醫(yī)源性因素（直腸肛管手術(shù)操作不當(dāng)?shù)瓤芍箩t(yī)源性肛瘺）、克羅恩病（可致病變范圍廣、復(fù)發(fā)率高、治療困難的肛瘺，多見于青壯年期，患者常伴腸道癥狀）。

結(jié)核桿菌感染：結(jié)核桿菌感染也可引起肛瘺。結(jié)核桿菌感染導(dǎo)致的肛瘺相對較少見，但在有結(jié)核病史或結(jié)核接觸史的人群中需考慮這種病因。結(jié)核桿菌感染引起的肛瘺病變往往較為復(fù)雜，病程較長，治療相對困難。

醫(yī)源性因素

直腸肛管手術(shù)：如內(nèi)痔注射誤入肌層或操作不當(dāng)，可引起直腸肛管周圍感染，進而形成肛瘺；直腸肛管癌行根治性手術(shù)時，若損傷肛管直腸周圍組織，也可能導(dǎo)致肛瘺形成。對于接受過直腸肛管手術(shù)的患者，術(shù)后需要密切觀察肛周情況，因為手術(shù)相關(guān)的感染是導(dǎo)致醫(yī)源性肛瘺的重要原因。不同年齡接受直腸肛管手術(shù)的患者，術(shù)后發(fā)生肛瘺的風(fēng)險不同，老年患者身體機能相對較弱，術(shù)后恢復(fù)相對較慢，發(fā)生醫(yī)源性肛瘺的風(fēng)險可能相對較高。

克羅恩病

克羅恩病是一種慢性炎性肉芽腫性疾病，可累及胃腸道各部位，當(dāng)累及直腸肛管時，也可引起肛瘺。克羅恩病導(dǎo)致的肛瘺具有病變范圍廣、復(fù)發(fā)率高、治療困難等特點。該病可發(fā)生于任何年齡，多見于青壯年期，男性和女性發(fā)病無明顯性別差異。患者除了肛瘺表現(xiàn)外，還常伴有腹痛、腹瀉、體重下降等腸道癥狀。